一方面注意饮食结构调整，另一方面可以口服助消化药物。
消化不良的原因一部分是饮食不当引起的，需要控制好饮食结构，不要进食大量的肉类、油脂类的食物，也要控制好每次的进食量不宜过多，还要注意饮食的间隔周期不宜太短。
偶尔出现消化不良时，可以给予益生菌或者助消化的药物口服调整，也可以采取推拿、按摩的方式进行辅助治疗。对于特殊类型的消化不良性腹泻，比如乳糖不耐受或者奶蛋白过敏，是需要更换奶粉才能有效治疗。