对于患有卵巢畸形瘤的患者，首先可以考虑通过相关手术，比如卵巢切除手术等，达到治愈的目的。
其次，对于由于身体因素不适合进行根治性切除手术的患者，也可以选择通过服用避孕类药物进行保守治疗，可以缩小患者体内畸形瘤的体积。
另外，对于组织病理学检查结果表示体内瘤细胞有恶变倾向的患者，还应当在患者手术后进行一定疗程的放化疗或者免疫治疗，也可以选择通过靶向药物进行治疗，控制瘤体的进一步增殖。