女性假两性畸形，首先在治疗上要辨明它的病因，分为男性化先天性肾上腺皮质增生症，包括21羟化酶缺陷症、十一β羟化酶缺陷症、3β羟类固醇脱氢异构酶缺陷症、胎盘芳香化酶缺陷证，以及妊娠期间母体雄激素或孕激素过多、尿生殖窦发育异常。
那么根据不同的病因，选择不同的治疗，治疗首选肾上腺皮质激素，开始需要较大剂量，根据尿17ks的排量调节用量，确定生理性抑制最小剂量。失盐者予高盐饮食，纠正水和电解质失衡。外生殖器整形，纠正肾上腺皮质功能不全后进行，婴幼儿期实施阴蒂成形术，青春期后实施阴道成形术。