真菌性角膜炎可以痊愈，只是痊愈之后可能也会影响视力。这主要是因为真菌性角膜炎发病的时候症状并不明显，但是病情一般进展起来就比较严重。所以一般发现的时候，角膜的病变相对就较为严重。
此外，真菌分泌的物质可以导致角膜溶解，所以真菌性角膜炎特别容易在局部形成化脓溃疡性病灶，进一步导致穿孔。
所以，即使最终病情痊愈，也是会在角膜上留下比较严重的瘢痕。这个时候患者的视力也不好，后期需要考虑进行角膜移植手术促进角膜恢复透明。