病毒性脑炎是由于各种病毒侵犯到中枢神经系统皮质，脑膜，血管等处而引起的。病原毒可以造成特异性的致病因子而出现病毒性脑炎、病毒性脑膜炎等不同的脑炎情况。通过三种途径生物病原体可以感染致脑部：
第一，血行感染，病原体通过动物咬伤，昆虫叮咬，使用不干净的注射器肌肉注射或静脉注射等进入人体。一些病原体造成面部感染时也可经静脉逆行进入脑部，此外孕妇感染的病原体可经胎盘可传给胎儿；
第二，直接感染，头颅外伤以及邻近组织感染病原体可以蔓延进入脑部；
第三，神经干逆行感染，一些病毒包括狂犬病毒、单纯疱疹病毒等可首先感染皮肤，以及其它粘膜再经神经末梢进入神经干进入脑部。