短时间和偶尔跷二郎腿是没有什么危害，但是如果长时间跷二郎腿会导致腿部腘窝部位受压，腘窝内有腘动静脉和神经，长时间压迫可能导致小腿血液循环障碍，甚至有静脉曲张、静脉血栓形成的风险。腘神经受压可能引起小腿、足部酸胀、麻木不适末梢神经炎表现。
另外，跷二郎腿本身是不好的坐姿，容易导致前倾弯腰或扭曲的坐姿，久而久之可以引起腰肌劳损、腰椎间盘突出和弯腰驼背等。
另外，跷二郎腿的时候两腿夹得比较紧，对于男性这种长时间的挤压会对尿道和前列腺造成不利的影响，并可使局部温度升高，不利于睾丸内精子的生成，对男性生殖健康有所损害。