肠道病毒71型感染的临床分期可分为5期。
1.手足出诊期：主要表现为发热手、足、口、臀等部位出疹，可伴有咳嗽、流涕、食欲不振等症状。
2.神经系统受累期：感染病例可出现中枢神经系统损害，多发生在1~5天内，表现为精神差、嗜睡、头痛、呕吐、烦躁、颈强直等脑膜炎、脑炎、脊髓灰质炎样综合征。
3.心肺功能衰竭前期：病程多发生在5天内。可以表现为心率呼吸增快、出冷汗、皮肤花纹、四肢发凉、血压升高、血糖升高、外周血白细胞升高。
4.心肺功能衰竭期：可表现为心动过速、呼吸急促、口唇紫绀、咳粉红色泡沫样痰或者血性液体持续血压下降或者休克。
5.恢复期：体温逐渐恢复正常，对血管活性药物的依赖逐渐减少。