排便时肛门疼痛往往和肛管直肠位置的疾病有关。比较常见的原因就是有肛裂的存在，或者是有直肠炎、肛窦发炎，或者有肛门周围脓肿、直肠黏膜下脓肿等感染性的疾病。
另外，也不排除肛门周围潮湿等因素所引起。比较常见的原因还是由于大便的干燥，或者是排便时腹部压力增加刺激所引起。另外，就是由于患者饮食上过于辛辣刺激，过于油腻，发生腹泻的情况，刺激肛门周围的皮肤出现疼痛的情况。
排便时肛门有疼痛，还要排除是不是由于一些恶性肿瘤的原因，特别是肛管、肛门位置的肿瘤。在发生溃破之后会产生剧烈的疼痛。
再者，就是排除是不是由于肛门异物等原因，患者食入枣核等坚硬的食物刺激，或者是损伤到肛门的位置，也会发生排便时肛门疼痛。