移植物抗宿主病如果是病情比较严重，治疗效果不好，是有可能导致患者死亡的。
通常情况下，发生移植物抗宿主病的时候，可以累及皮肤，也有可能会累及到胃肠道、肝脏，或者有的时候还有可能会累及到支气管、肺部或者是眼部等等。
根据将受累器官的病变程度，从轻到重进行分度，往往可以分为4度。如果是仅有皮肤受累，一般不会危及患者的生命。但是如果是患者出现内脏的累及，比如出现重度的黄疸、顽固性腹泻、血便、肠绞痛等，或者是病人出现严重的全身症状，有可能会预后不良。
移植物抗宿主病，是患者行造血干细胞移植以后，长期生存者最主要的死亡原因。