打完狂犬疫苗后发烧39℃，可能是狂犬疫苗的副作用所致，此时可以应用对乙酰氨基酚等退热药物治疗。另外也可以配合冰袋、温水擦拭全身血管丰富的部位以及多饮水等方式，促进体温下降。多数患者经上述处理后，发热症状即可缓解、消失。
狂犬疫苗引起的不良反应基本不会超过三天，但如果出现反复发热的现象，则要尽快到医院完善血液方面的检查，判断是否存在感染因素或者其他病因，并且采取针对性处理。
如果是由于病毒感染所致，可以应用金刚烷胺等抗病毒药物，如果体内存在细菌感染，则要给予头孢类抗生素治疗。对于其他病因，也要给予针对性治疗。