甲流是否会留下后遗症，和疾病是否得到及时的治疗有关。通常情况下，甲流的起病比较急，病程比较短。经过及时有效的治疗，通常可以使病情得到控制，不会引起并发症，也不会有后遗症。但是，如果病情没有得到及时的治疗，容易引起肺部炎症和哮喘的发生，会对肺功能造成一定的影响。
临床上对于甲流的治疗，主要是使用广谱的抗病毒药物进行改善病情，同时结合临床症状进行治疗。如果此病起病比较急，通过口服药物治疗效果比较慢，会引起并发症，所以通常使用静脉注射抗病毒的药物来进行治疗。