鹅口疮是因为宝宝肠道菌群失调，导致肠道当中隐藏的真菌出现机会性致病的情况。所以，在治疗鹅口疮同时，应该配合益生菌调理肠道菌群，来抵抗真菌才是可以治疗根本的。
对于口腔内的鹅口疮，需要配合碳酸氢钠溶液，以及制霉菌素局部涂抹。鹅口疮容易反复，所以小孩子用的任何的器具，包括玩具都要用碳酸氢钠溶液清洗，特别是每次吃奶之前，都需要用碳酸氢钠溶液清洗乳房或者是奶嘴，防止产生交叉感染的情况。
同时，患儿出现鹅口疮，是因为体质较弱的原因导致的，应该给他口服增强抵抗力的药物，比如玉屏风颗粒。