新生儿脑部缺氧有可能留有中枢神经系统的后遗症，最常见的有智力低下、发育迟缓、耳聋、视力障碍、运动系统损伤、脑瘫等。
留有后遗症会严重影响生活质量，在婴儿应该会做、走、爬的年龄，婴儿的生长运动及智力发育严重落后于同龄儿。所以，如果要提高生存质量，早期要给予及时干预治疗，尽量减少脑细胞的损伤。
在胎儿宫内以及出生时，或者产后，都有可能引起新生儿缺氧，神经系统受损伤与缺氧的程度有一定关系。当机体缺氧严重时会影响大脑神经细胞代谢，出现水肿、坏死，在脑神经受损伤的功能区出现相应的症状。