支原体和衣原体的感染，有可能因为感染部位的不同，造成的症状也会有所差异。那么如果是造成呼吸道的感染，有可能仅仅是上呼吸道感染，出现打喷嚏、鼻塞、流鼻涕的症状，如果是造成了支气管炎，可以是咳嗽、咳痰的表现，还能够伴随着发热。
如果是肺炎支原体，那么咳嗽的症状会比较典型，出现干咳无痰、持续时间比较长。如果是造成了肺炎，那么可能是伴随着憋喘、胸闷的感觉。这一些病源微生物，有的可以造成泌尿生殖道的感染，比如沙眼衣原体、解脲脲原体、人型支原体，可能出现尿频、尿急、尿道有瘙痒的感觉，有些还能够见到尿道的一些分泌物。如果是沙眼衣原体，还能够造成沙眼，出现结膜这一些炎症。沙眼衣原体还能够导致性病淋巴肉芽肿，在外生殖器附近可以出现疱疹、溃疡，甚至能够导致局部淋巴结的肿大，甚至黏连、融合，有比较明显的压痛。