半夜头痛厉害时，首先要检查一下血压，看是否血压增高。如果血压增高时应及时地降血压治疗，其次，要检查一下颅脑CT或者是颅脑核磁，以排除一下脑血管疾病。比如脑梗死和脑出血的患者均可以出现。
患者如果发病后要及时地住院进行原发病的治疗，必要时进行对症治疗。患者如果有原发性的头痛疾病，比如丛集性头痛，患者夜间也可能会出现头痛，一般表现为刺痛，牵扯样疼痛以及烧灼样的疼痛。
严重时可以伴有恶心、呕吐，主要是进行对症治疗，常用的药物有佐米曲普坦和舒马普坦等。