治疗肛瘘最好是采用西医治疗。因为西医治疗效果好，能彻底将肛瘘根治，而中医治疗肛瘘一般只能是缓解肛瘘的感染症状，而不能将其根治。
因为西医治疗肛瘘是进行手术，将肛瘘切开挂线或者是将肛瘘切除。这样能较好地处理内口，使内口完全愈合，将感染彻底控制住，肛瘘才能被治愈。而中医治疗肛瘘都是采取药物保守治疗，位于肛内的内口会持续存在，感染反复发生从而使肛瘘病情反复发作。
所以在患了肛瘘后，要想彻底根治，一定要采取西医的手术疗法。