肛瘘手术后，如果疼痛较轻、出血较少，可以进行同房。但应注意次数和强度，避免因为创面过度摩擦，引起出血及延迟愈合等情况。
肛瘘发病后，任何的保守治疗措施均无效，应及时手术治疗。手术中要将内溃口、外溃口以及皮下瘘管完全切除，高位肛瘘还需要进行挂线治疗，防止影响肛门括约肌功能。
术后不能缝合切口，因此肛瘘术后愈合期较慢，大约为40天左右。肛瘘术后若无明显不适症状，可以进行同房，但宜适量，等创面完全愈合后，任何活动均不受限制。