非淋菌性尿道炎最常见的病原体是沙眼衣原体和支原体，这种尿道炎多是因不洁性交传染的。
本病的潜伏期一般分一到三周，最主要的临床表现是尿道有分泌物和排尿疼痛。尿道分泌物表现为清晨排尿时发现尿道外口有少量的分泌物，呈稀薄脓性或者是浆液性，尿道口稍红，用手挤压尿道可见分泌物溢出。
排尿疼痛可伴随尿频、尿急等膀胱刺激症状。女性患者患有非淋菌性尿道炎时大多数没有明显的临床症状，多是在性伴侣确诊后才去医院检查，才发现此病。