菌血症最好的治疗方法就是给予有效的抗感染的药物治疗，选择抗生素前要对可能感染的病原菌进行分析，选择对细菌敏感的抗生素，抗生素要给予允许的最大剂量，正确快速的控制住细菌感染，治疗的同时要进行血培养，根据血培养结果确定抗生素。
输液时感染细菌导致菌血症说明没有严格的进行无菌操作，输液前要对患者的皮肤进行严格的消毒，同时要避开破损的部位，防止发生细菌感染。
有些患者发生菌血症可能和输液的器械不合格有关，输液器过期或者是被细菌污染，故输液时要严格按无菌操作的规范操作。