间插血吸虫病对患者的危害是很大的：
1.2/3以上的晚期血吸虫病患者会并发下食管或胃静脉曲张。静脉曲张破裂引起上消化道大出血，是血吸虫病纤维化的主要并发症。临床症状为大量吐血和黑色粪便，可引起血压下降和失血性休克，大约一半的病人有反复出血史。此外腹水型晚期血吸虫病并发原发性腹膜炎和革兰阴性杆菌败血症并不少见。
2.高达31%的肠道并发症疫区患者，能在切除阑尾的样本中发现血吸虫卵，这往往是急性阑尾炎的诱因。此外阑尾容易穿孔，可能并发腹膜炎或局部脓肿。