小孩子手足口病好了以后一直咳嗽，首先要考虑患者有手足口病导致的支气管炎或者支气管肺炎，也有可能是其它病原微生物感染，导致患者出现了咳嗽、咳痰症状。
因此为了明确疾病的诊断以及疾病的病因，需要到医院就诊，听诊肺部情况以及做相关的辅助检查，有可能需要再次复查肠道病毒的检测，根据检测结果选用药物治疗，有利于疾病的恢复。具体药物的用法用量需要在临床医生的指导下应用。
在家庭护理中要密切关注患者的病情变化，必要时需要到医院进行复诊，调整治疗方案。