胃肠道功能紊乱可以根据个人的临床症状，以及各项检查指标综合确诊。
第一，个人临床表现。当患者表现为恶心、呕吐、食欲不振、过饱，甚至会由于胃酸分泌过多而表现出反酸、烧心等临床症状时，可以考虑其为胃肠道功能紊乱。严重的患者还会出现腹胀、腹痛、腹泻或者是便秘等情况。
第二，检查指标。可以通过胃镜、肠镜或者是消化道造影，在排除器质性病变后，仍有明显症状，可以考虑患者是由于胃肠功能紊乱引起的症状。此时要在医生指导下积极对症治疗，改善症状。