口腔扁平苔藓若无症状，病损面积较小，可先不进行治疗，以持续观察为主。若具有明显的症状，病损部位较大，应及早进行局部或全身治疗。
口腔扁平苔藓目前尚无有效的根治方法，临床上的治疗主要是以对症治疗为主。常用的药物有氯己定溶液、苯佐卡因凝胶、曲安奈德乳膏、他克莫司软膏、维A酸类药物以及硫唑嘌呤等。
口腔扁平苔藓多数情况下是良性，但是少部分溃疡或糜烂型的扁平苔藓可能会发生癌变，因此一旦患病后应严格按照医嘱进行治疗。