沙眼疾病本身一般不是以手术为主的治疗手段，部分沙眼引起的并发症需要进行手术干预。
在临床上沙眼的治疗主要以抗生素药物治疗为主，无特殊症状则不需要进行手术。但是，如果沙眼疾病治疗之后，眼部结膜还留有较多的结膜滤泡，可在局部麻醉下进行结膜滤泡刮除手术治疗。
沙眼多呈慢性进行性发展，病程较长，后期部分患者可出现结膜瘢痕导致结膜收缩，皮肤组织间的不平衡，可形成倒睫、眼睑内翻等并发症。一般需要进行眼睑的手术治疗，以减少不适。