心脏室间隔缺损形成的原因中，多基因遗传缺陷是比较常见的。
也有少部分属于单基因遗传缺陷或者染色体发生了畸变导致的。另外，如果在怀孕的早期发生了宫内病毒感染，比如感染了风疹病毒、柯萨奇病毒、流感病毒等。
孕妇患有某一种代谢性疾病，比如糖尿病或者孕妇接触了某些放射性的物质，或者化学物质以及某些药物、毒物，或者孕妇出现了叶酸的缺乏等，这些因素都有可能导致胎儿心脏室间隔缺损的形成。对于室间隔缺损，最好尽早采取手术治疗。