结节性硬化病的鉴别诊断如下：
一、神经纤维瘤。患者会有皮肤色素斑，伴有全身无痛性的皮下肿物逐渐增大，在青春期进展明显。一般没有明显的临床症状，少数出现智能下降。结节硬化病不会伴有无痛性的皮下肿物。
二、脑面血管瘤病。面部会出现葡萄酒样的血管痣，会累及口唇、牙龈、舌头等。眼部受累会表现为视力下降，视神经萎缩甚至失明。严重的患者会伴有癫痫发作，对侧肢体功能障碍。结节性硬化症会伴有口、鼻三角区的皮脂腺瘤，而本病没有。
三、白癜风。本病青少年好发，常为乳白色，也可表现为粉色，患者大多没有明显的症状。