胆管结石大部分情况下不会自己排出来。因为胆管胰管开口于十二指肠乳头的地方，有一个环形的肌肉叫做Oddi括约肌。这个肌肉是控制胆总管的开关，里面的通道非常狭窄，结石很难通过这个通道进入小肠，所以胆管结石一般不会自己排出。
一些结石往往会嵌顿在Oddi括约肌的地方，导致患者出现胆道梗阻、肝功能不全、黄疸，严重的还会引起胰管堵塞，导致胰液逆流引起胆源性胰腺炎。
目前较小的胆管结石可以行ERCP内镜下取石手术，较大的结石需要手术取出。