食管癌发生甲状腺转移时，提示已经为食管癌的晚期，治疗上以提高患者的生活质量，延长患者生存时间为主。
食管癌晚期，癌细胞一旦发生转移就不建议进行手术，因为手术无法将癌细胞全部清除，还会对患者的身体造成很大的影响。此时可以采取放化疗等方法，抑制癌细胞扩散和生长。如果食管癌发生甲状腺转移已经影响进食，可以置入食管支架改善患者进食情况，必要时可以采用中药辅助治疗。
最后，癌症患者心理上的支持也十分重要，作为家属要在心理上给予支持和鼓励，使其具有对抗癌症的信心。如果发生剧烈疼痛，可以在医生的指导下服用止痛药物，必要时可以应用镇静剂。