孩子在感染尼帕病毒后，如果病情没有得到有效治疗，可能会出现脑脊膜炎等严重的病情，甚至可能出现生命危险。部分病人可能发生死亡现象。
在受到病毒感染以后，大多数病患出现肌肉疼痛、头痛、发烧、咽喉肿痛、呕吐、头晕、嗜睡、疲乏、倦怠、神志障碍、昏迷等症状。严重者可能逐渐发展为肺炎、呼吸衰竭、脑炎等，死亡的风险会明显增高。
需要及时进行病毒分离、免疫组织化学检测、免疫电镜检测、血清中和试验等检查方法明确诊断，尽快治疗。