咽扁桃体癌的发生，考虑和长期口腔内的有害刺激有关，长期大量吸烟、饮酒就是主要的刺激因素。
烟草内含有的致癌物质很多，长期吸烟可以对咽部扁桃体产生持续性的刺激，可以导致咽扁桃体部位的粘膜发生癌变；酒精对口腔粘膜的刺激也比较大，可以导致口腔粘膜发生炎症，炎症也可以发生癌变。
有些患者爱吃热食，热食对口腔粘膜也会造成刺激；有些患者还有咽部扁桃体的慢性炎症，也可以刺激咽扁桃体的粘膜发生癌变，各种有害刺激可以同时存在，导致咽部扁桃体发生癌变的风险增高。