体外受精会导致宫外孕，体外受精和正常人患宫外孕的几率是一样，大概是2%~3%，主要的原因是输卵管炎症或者是输卵管手术史导致的输卵管不通畅或者通而不畅。
输卵管炎症可以导致输卵管皱褶粘连、管腔变窄、纤毛的功能受损，导致受精卵在输卵管内运行受阻，而于该处着床形成宫外孕。输卵管妊娠史或手术史，会增加再次患宫外孕的几率。
此外，输卵管过长、肌层发育差、粘膜纤毛缺乏、双输卵管、输卵管憩室或有输卵管副伞，均可导致宫外孕。另外，精神因素也可导致输卵管痉挛和蠕动异常，干扰受精卵运送形成宫外孕。