一咽口水耳朵就疼可能有以下原因：
1.咽鼓管功能不良导致的分泌性中耳炎。当吞咽口水的时候，由于咽鼓管不能及时调节鼓室内外的压力，会出现明显鼓室内外压力差，很容易诱发鼓膜内陷，从而引起耳朵疼痛感。这种发生于儿童可能更为多见，与儿童咽鼓管的解剖结构有很大的关系。
2.有可能与咽喉炎、扁桃体溃疡、牙龈方面的疾病有关系。有上述炎症性疾病，吞咽口水的时候，由于肌肉的牵拉会导致咽喉部、牙齿等部位的疼痛加重，疼痛可以通过神经放射到耳朵，从而引起耳朵疼痛感。临床上检查耳朵的时候，耳朵并没有明显器质性病变。