羊水少胎儿的畸形率会增高。如果是在妊娠早期，孕妇羊水少容易造成胎膜与胎体粘连，使胎儿结构异常，甚至造成肢体的短缺。
如果是在怀孕中晚期发生羊水少，容易导致胎儿骨骼、肌肉发生畸形，可以导致胎儿出现手足畸形、斜颈。
有一些羊水少是因为胎儿本身存在泌尿生殖系统及其它器官的发育畸形，例如胎儿染色体异常、存在先天性的肾发育不良、先天性泌尿道梗阻、膀胱外翻、肾小管发育不全、先天性无肾胎儿等，所以羊水少，胎儿畸形的几率增高。