女性子宫附件囊肿如何治疗是有个体差异的，应该根据囊肿的大小、病因来决定。
有些附件区囊肿是生理原因导致的，比如卵泡滤泡囊肿、黄体囊肿。这些囊肿体积比较小，随着月经的变化而变化，可以自行消失，可以给予观察不用特殊处理。
如果附件区囊肿是输卵管积水、输卵管积脓等原因导致的，属于炎性包块。如果体积不是很大，可以给予抗生素进行抗炎治疗。如果体积大于5cm，可以给予手术治疗。如果囊肿位于卵巢，应该及时确定是卵巢巧克力囊肿还是卵巢恶性肿瘤，明确诊断后进行及时手术治疗。