治疗肛瘘需要的住院时间长短不一，和肛瘘的类型以及严重程度有直接的关系，短的在术后1周就能出院，而严重的肛瘘术后有可能需要2~3周，甚至更久。
例如低位单纯性的肛瘘由于手术简单，术后并发症少，而且术后创伤小，恢复快，所以一般术后1周就能出院。而对于高位复杂性的肛瘘，由于创伤偏大，术中可能需要行挂线术，而挂线脱落时间一般在术后1周左右，所以一般需要术后2~3周才能出院。
对于一些范围非常广而且复杂的肛瘘患者，有可能住院时间会更久，因为创面的恢复时间比较长。