高原反应是否会留下后遗症，是因人而异的。
如果在高原反应时出现了脑血管疾病，很可能会留下偏瘫等后遗症，在高原地带身体缺氧，也可能会诱发心脏病发作，例如心肌梗塞，还有一部分人在高原地带缺氧，会对大脑神经造成严重的创伤。
如果只是单纯地因为缺氧而出现短暂的精神萎靡、嗜睡、头痛、头昏、身体乏力等症状，一般离开高原后这些症状都会逐渐地消失，基本是不会留下后遗症的。高原反应引起的头痛可以服用非甾体类镇痛药来止痛，可以使用螺内酯和呋塞米来减轻水分潴留，如果有脑水肿倾向，可以用皮质醇激素。