小儿扁桃体肥大可能是生理性因素所引起。
由于小儿的淋巴组织比较丰富，体质较敏感，在受到轻度的刺激后，就会出现扁桃体肥大的现象，一般不会出现明显的临床症状，不需要进行特殊的治疗。由于小儿免疫力较低，有可能会受到病毒感染，在受到病毒感染后，就会导致扁桃体肿大，比如人类疱疹病毒感染，通常会使患儿出现咽喉疼痛、发热、咽痛等症状。
扁桃体局部还容易受到细菌感染，受到细菌感染以后，会引起急性扁桃体炎或者是化脓性扁桃体炎，就会导致扁桃体肥大，在确诊后主要是进行抗感染治疗。