发生空腹血糖偏低的原因有很多，既可能是生理性原因，也可能与某些疾病有关系。在生理情况下，如果前一晚晚餐进食过少或晚上进行大量运动，消耗过多，第二天清晨空腹可能出现血糖偏低。这种情况一般不需要进行特殊处理，只需要保证在后续的饮食规律和运动时保持能量即可。
某些疾病也可以导致空腹血糖偏低，甚至严重低血糖，最常见的如胰岛素瘤。由于瘤体持续分泌大量胰岛素，导致在空腹状态下血糖偏低，没确诊之前患者多数只能通过大量饮食或补充葡萄糖缓解。
另外，在糖尿病治疗时，如前一晚口服药物或睡前胰岛素用量过大，也可能会导致第二天清晨血糖偏低。