核酸检测并不是很痛苦，但是有一定的痛苦。核酸检测主要是采集鼻拭子或者咽拭子来获取相应的标本进行PCR检测。
而在采集标本的过程中，需要将很长的拭子采样棒，深入到鼻腔深部和咽后壁的位置较深的部位，而这些部位含有丰富的神经末梢，非常敏感。所以，在做核酸检测的时候，大多数人就会表现出一定的咽部不适和鼻部不适，比如出现恶心、呕吐，甚至咳嗽，或者引起鼻子瘙痒、鼻腔里疼痛等症状。
但是这些不适大多数是在可忍受的范围内，而且只要进行规范化的操作，引起的反应相对比较轻微，所以痛苦很小，是临床上很便捷的检查操作。