大多数支原体感染为临床显性感染，大多数感染者仅累及上呼吸道。在经过2到3周病情加重，表现发热、全身不适、头痛和咳嗽。咳嗽是肺炎支原体感染的特点在随后的一到两天，咳嗽的频率和严重程度增加可能会使患者衰弱。
肺炎支原体感染这种症状逐渐加重的特点，与流感和腺病毒呼吸道感染的急性发病有着明显的差别。5%到10%的患者可进一步发展成为气管支气管炎或肺炎与患者的年龄有一定的关系。在这一阶段原先的临床表现仍然存在，咳嗽更加严重但白色较少偶有痰中带血。由于持续咳嗽，患者可因肌张力增加而发生胸骨旁胸腔疼痛。患者发热体温通常在37.8到38.5并伴有畏寒。