肾性氨基酸尿是由于遗传因素导致的，发病原因是基因突变导致人体内不能对氨基酸进行正常的转运，引起尿液中氨基酸的排泄增加导致的。
此病没有有效的治疗方法，无法根治，临床上可以通过以下方法减轻患者的症状：
第一，要嘱患者多饮水，增加尿量，降低尿液中氨基酸的浓度，避免反复形成肾结石。
第二，控制食物中氨基酸的含量，不同的氨基酸要限制不同的氨基酸，尽量减少食物中氨基酸的来源。
第三，可以给予一些碱性的药物口服，能够碱化尿液，有利于氨基酸的排出。