甲状腺结节手术后，可能会出现甲状腺功能减退症等后遗症，甲状腺由于周围血管以及神经分布都比较丰富，所以很容易出现后遗症。
比较常见的是喉返神经损伤，如果在切除术中碰到喉返神经，损伤不重者，可出现术后声音嘶哑、发音障碍，严重患者可出现呼吸困难以及窒息，部分患者出现喉上神经损伤，会出现饮水呛咳、声音低钝等。
还有一部分患者如果碰到甲状旁腺，会出现低钙血症等等。所以甲状腺结节手术后会有甲减、甲状旁腺功能损伤，以及喉返神经损伤等后遗症。