遗精后尿道内刺痛可能为尿路感染所引起。如果男性在日常不注意生理卫生，可能会造成病菌进入尿道内，会刺激尿道黏膜，使尿道粘膜出现破损以及出血，在遗精时，精液会刺激伤口部位，从而引起尿道内刺痛。
此外，尿道刺中还可能为前列腺炎或精囊炎等疾病所引起，患者应当医院进行尿常规、泌尿系统ct、阴囊彩超、前列腺液常规等检查，确诊后，使用抗生素类的药物进行治疗。
在治疗期间，患者应多饮水，每天饮水量应当在2000毫升以上，多排尿，促进细菌代谢产物的排出。