手术是尿道下裂的唯一治疗方法，尿道下裂的手术一般应于5-6岁之前完成。为了减少对孩子心理的影响，尽量在1-2岁内完成，小儿尿道下裂手术的治疗越早，手术越容易恢复。
因为幼儿的皮肤组织可塑性更强，对下裂修复后的皮肤组织术后恢复更有利。尿道下裂因皮肤组织缺损，往往同时伴有阴茎弯曲，及早进行矫正对生殖器官的充分发育也有很大帮助。
轻度尿道下裂可一期做阴茎下曲矫正和尿道开口正位的复位，严重尿道下裂应分期治疗，一期矫正阴茎下曲，二期做皮瓣修复尿道。