核酸检测为阴性但是依然确诊为新冠肺炎的原因主要是由于核酸检测本身存在一定的假阴性的概率，且新冠肺炎的诊断并非单纯依靠核酸检测。
核酸检测由于技术手段的问题，可能会导致很可能感染了新型冠状病毒的患者却无法被检测出来，即为所谓的假阴性。但是当这些患者出现了典型的临床症状，且近14天有可能接触过确诊患者的话，同时有典型的肺部CT表现等其他证据，则可以确诊为新冠肺炎了，并不一定完全需要靠核酸检测阳性结果才可以确诊。