韦尼克脑病主要和以下疾病相鉴别
1、脑梗死（基底动脉尖综合征）：基底动脉尖综合征可以累及中脑、丘脑、小脑上部、颞叶内侧和枕叶，临床表现为眩晕、共济失调、眼球运动障碍、精神症状和意识障碍，可以没有明显的运动和感觉障碍，常常会有瞳孔的改变。Wernicke脑病累及的范围较广，会超出基底动脉尖综合征的范围。头颅MRI及血管检查可以进一步鉴别。
2、脑桥中央髓鞘溶解症
脑桥中央髓鞘溶解症除了累及脑桥以外，还可以累及小脑、丘脑、丘脑下部、皮质下白质，有时脑桥本身并未发现有病灶，临床可出现共济失调、精神症状及意识障碍等表现。水电解质紊乱（尤其是低钠血症过快纠正）、慢性酒精中毒均可以是脑桥中央髓鞘溶解症的病因，因此需要两者鉴别。脑桥中央髓鞘溶解症的MRI多数在发病后1-2周才显示病灶，并且病灶主要在脑桥基底部，没有大脑皮质受累病灶。而Wernicke脑病的MRI病灶出现时间较早，脑干病灶主要分布在脑桥中央背盖部脑室及中脑导水管周围，在6～ 12 个月以后的恢复期, MRI增高的信号就会降低或消失。