导致黄体功能不足的原因有很多。
随着排卵后卵泡液的流出，卵泡腔内压下降，卵泡壁塌陷，形成皱襞，卵泡壁的卵泡颗粒细胞和卵泡内膜细胞向内侵入，周围有卵泡外模包围，共同形成黄体。
如果排出的卵子受精了，黄体在胚胎滋养细胞分泌的绒毛膜促性腺激素的作用下会增大，转变为妊娠黄体。
如果卵子没有受精的黄体，会在排卵后9到10天开始退化，黄体功能限于14日，机制并不完全明确，可能与其分泌的雌激素，如黄体作用有关。
黄体功能不足，有可能会由于本身的下丘脑、垂体、卵巢轴的功能异常，或者由于一些外来的因素，包括有放疗、化疗、药物的影响、手术的损伤，都可能会导致卵巢功能的衰退，以导致黄体功能不足。