卵巢囊肿不是内分泌紊乱。但是内分泌紊乱会引起卵巢囊肿的发生，卵巢囊肿的发生和女性内分泌失调，以及长期的饮食结构不当或是环境因素等都有关系，但卵巢囊肿和内分泌紊乱是不同的两种。
内分泌紊乱是引起卵巢囊肿的一个原因，而患有卵巢囊肿后也可能会导致女性内分泌紊乱。因为卵巢囊肿会破坏到卵巢的正常功能，从而导致内分泌发生紊乱。
一旦检查出有卵巢囊肿情况先要区分是生理的还是病理性的。如果是生理性的，不需要治疗；若是病理性的建议药物或是手术治疗。