导致耳朵根部痛的原因有：
1.耳朵部位遭到挤压。如果睡觉时朝一侧躺着睡压到耳朵部位，会造成耳朵根部血液循环受影响，因此会感觉到疼痛。
2.外耳道炎。外耳道炎跟局部皮肤受损和炎症刺激有关系，而且耳道内会有很多的分泌物，因此会导致疼痛感。
3.三叉神经痛。受情绪、外力和压力的影响，会导致患者出现神经性疼痛。
4.中耳炎。尤其是在感冒后容易出现急性中耳炎，造成耳朵疼痛。不正确的擤鼻涕方式以及病菌感染都会诱发中耳炎，从而导致耳根部位疼痛。
5.长时间佩戴耳机。长时间地用耳机听歌也会造成耳朵部位疼痛，最好是到医院先进行检查，根据情况治疗。