新型布尼亚病毒主要通过病原学检查和血清学检查来检测。其中，病原学检查包括核酸检测和病毒分离。其中核酸检测临床上用的最多，既准确又好操作。
当被检查者新型布尼亚病毒核酸检测阳性时，便可以确诊新型布尼亚病毒感染，病毒分离在临床上不太常用。当标本分离出新型布尼亚病毒时，也可以确诊。当被新型布尼亚病毒感染时，血清血检查会有IGG抗体或者IGM抗体阳性，或者恢复期强度比急性期增加了4倍以上。
还有如果检测的血清特异性总抗体阳性时，能表示患者曾经受到过新型布尼亚病毒的感染。